Muzeum zostało utworzone formalnie 11 marca 1963 uchwałą Prezydium Powiatowej Rady Narodowej w Kłodzku. Oficjalne otwarcie uświetniło obchody Święta Pracy – 1 maja 1963. Pierwszą siedzibą muzeum był budynek dawnej komendantury twierdzy kłodzkiej, tzw. Pałac Komendanta na kłodzkim rynku (pl. Bolesława Chrobrego). Z powodu grożącej katastrofy budowlanej, spowodowanej osuwaniem się podziemi kłodzkiej starówki, muzeum musiało poszukać nowej siedziby. W latach 1969-1985, w czasie przygotowywania nowej siedziby, zbiory muzeum były zdeponowane w zabytkowym dworze w Jaszkowej Górnej.
W 1971 na cele muzealne przeznaczono zabytkowy budynek dawnego konwiktu. Historia tego miejsca rozpoczyna się wraz z przybyciem do Kłodzka zakonu jezuitów w 1624. Zakon rozpoczął budową kolegium, dla którego potrzebny był internat. W 1649 powołano fundację, z której funduszy powstał i funkcjonował konwikt. Rozbudowano go poprzez dokupienie kolejno pięciu sąsiednich kamienic położonych na skrzyżowaniu ulicy Zielonej i Żydowskiej (obecnie Łukasiewicza i Wojska Polskiego). Elewację kurtynową wykonano według projektu architekta Carla Lurago, który budował wcześniej kolegium.
Remont i adaptacja na potrzeby muzeum były prowadzone w latach 1976-1986. Zachowano wszystkie elementy zabytkowego obiektu wraz z pierwotnym układem i wystrojem. Do starego budynku dobudowano część przeznaczoną na magazyny, pracownie i mieszkania pracownicze wraz z podwórzem gospodarczym oddzielonym od dziedzińca ażurową ścianą arkadową. Tak rozbudowany kompleks budynków zajmuje połowę jednego kwartału miasta. Jego powierzchnia użytkowa wynosi ok. 4000 m², a kubatura ok. 20 000 m³. Na wewnętrznym dziedzińcu urządzony jest miniogród i lapidarium kamiennych rzeźb i detali pochodzących ze zniszczonych kamienic kłodzkich.
Warte uwagi są również zabytkowe wnętrza:
Muzeum Ziemi Kłodzkiej, Łukasiewicza 4, 57-300 Kłodzko